Угроза монгольского нашествия, возникшая во второй половине XIII в., обострила внутриполитическое положение.

В 1266 г. хан Хубилай прислал послов с требованием признания его власти над Японией. Это наглое требование было оставлено без ответа, а на последующие аналогичные притязания японцы ответили отказом. В ноябре 1274 г. к западным берегам Японии подошел монгольский флот, захвативший о-ва Цусима и Ики, затем началась высадка войск на северо-западе о-ва Кюсю в провинции Тикудзэн (совр. префектура Фукуока). Самурайские подразделения вели ожесточенные сражения, однако они не были подготовлены к отражению натиска столь сильного противника. Нагрянувший тайфун уничтожил более 200 вражеских кораблей и сорвал монгольское вторжение.

В июне—августе 1281 г. предпринимается новый поход к берегам Японии: две армады общей численностью в 3500 судов и лодок подошли к японским берегам — одна с Корейского полуострова, а другая из Китая. К этому времени побережье было уже укреплено, подготовлены и боевые суда, но налетевший тайфун разметал неприятельский флот, а оставшиеся корабли были потоплены японцами. С тех пор тайфун стал именоваться “Божественным ветром” (камикадзэ) — термин, которым в годы Второй Мировой войны именовали смертников, посылавшихся на бомбежку или потопление кораблей противника.

Эпоха Муромати (1333 - 1573)

После свержения камакурского сёгуната в июне 1333 г. экс-император Годайго возвратился в Киото, низложил императора Когэн, возведенного на престол в 1332 г., и восстановил свою власть: было создано правительство Кэмму. Провозглашается политическая формула нового режима: “Единение придворных аристократов и самураев”, — но в действительности это была попытка реставрировать политическую власть императорского дома.

Острая нехватка средств побудила Годайго обложить 5%-ным налогом имущество провинциальных губернаторов, что пагубно сказалось на положении правительства, лишившегося поддержки местных администраторов. Стремясь сократить задолженность эксплуататорского сословия торгово-ростовщическому капиталу, Годайго подобно Ходзё издал указ об аннулировании задолженности (Токусэйрё). Это мероприятие лишило экс-императора поддержки ростовщиков, влияние которых продолжало усиливаться.

Асикага, воспользовавшись провалом политики Годайго, изменил последнему, занял Киото в январе 1336 г. и посадил на престол другого представителя Северной ветви императорского дома. Годайго, захватив регалии императорской власти, бежал на юг в дачную резиденцию Ёсино. С этого времени начался более чем полувековой период вооруженной борьбы внутри императорского дома. В эту борьбу были втянуты все слои японского средневекового общества. В ноябре 1336 г. Асикага объявил о возобновлении военного управления страной, о переходе власти в руки Полевой ставки (Бакуфу). Время политического господства Асикага именуется сёгунатом Муромати по наименованию района в Киото, где находилась резиденция сёгунов. Становление политического господства дома Асикага проходило в обстановке острой политической борьбы, в которую были вовлечены все слои средневекового общества. Японские историки акцентируют внимание на законности, легитимности враждовавших группировок внутри императорского дома, именуя это время периодом борьбы “Южной и Северной династий” (Намбокутё, 133б—1392). Борьба завершилась прибытием в Киото представителя Южного двора и примирением враждующих сторон в буддийском храме Дайкокудзи. Однако истинная сущность социально-экономических последствий войн XIV в. заключается не в консолидации императорского дома, утратившего к концу XIV в. свое политическое, административное влияние и даже религиозный авторитет, а в перераспределении земли в пользу самурайского сословия, упразднении сёэна Южного двора, в значительном сокращении сёэнов коммендационного типа и некотором росте частных земельных владений Северного двора.

Следствием усилившегося распада сёэнов явилась утрата императорским домом и придворной аристократией былого экономического и политического влияния. Падение авторитета императора ярко проявилось в эпической “Повести о великом мире” (первая половина XIV в.), где “потомок богов” впервые в истории Японии именуется мятежником. Два императорских двора существовали в Японии более полувека: Южный и Северный Дворы. Они вели бесконечные войны друг против друга. Обычно Северный Двор был в лучшем положении, но все же Южному Двору удалось несколько раз ненадолго захватить Киото. Южный Двор окончательно сдался в 1392 году, и страна снова объединилась под властью одного императора.

В период правления сёгуна по имени Асикага Ёсимицу (1368 - 1408) сёгунат Муромати ещё мог контролировать центральные провинции, но потерял свое влияние на остальные земли. Ёсимицу установил хорошие торговые связи с Китаем. Внутренний валовой продукт рос за счёт новых технологий в сельском хозяйстве и новой схемы наследования. Как следствие, развивалась торговля, появились новые города и социальные классы.

В течении XV и XVI вв. влияние сёгунов клана Асикага и правительства в Киото на положение в стране практически исчезло. Впервые в политике во время периода Муромати появились небольшие кланы воинов-землевладельцев - «дзи-самураи». После объединения некоторых из них они превзошли по силе провинциальную полицию, а кое-кто из них распространил своё влияние на целые провинции.Этих новых феодалов называли «даймё». Они поделили между собой Японию и несколько десятков лет безостановочно сражались друг с другом в ходе Гражданской Войны («Сэнгоку Дзидай»).