Самыми влиятельными даймё были Такэда, Уэсуги и Ходзё на востоке и Оути, Мори и Хосокава на западе.

В 1542 году первые португальские купцы и миссионеры-иезуиты появились на Кюсю и привезли в Японию огнестрельное оружие и христианство. Иезуит Франциск Ксавье приехал в Киото с миссией в 1549-1550 годах. Многие даймё приняли христианство, так как они были заинтересованы в развитии торговых отношений с заокеанскими странами, в основном по военным причинам. Миссия на Кюсю успешно расширяла свое влияние.

В середине XVI века даймё все больше и больше стремились получить власть над всей страной. Одним из «новичков», который сделал первые шаги в сторону объединения Японии, был Ода Hобунага. Он вошел в Киото в 1568 году и в 1573 году сверг сёгунат Муромати.

Эпоха Адзути Момояма (1573 - 1603)

В 1559 Ода Hобунага получил в управление провинцию Овари (район современного города Hагоя). Как и многие другие даймё, он был заинтересован в объединении Японии. Благодаря своим стратегически удачно расположенным владениям в 1568 году ему удалось захватить столицу.

После того, как он устроился в Киото, Hобунага продолжал уничтожать своих врагов. Против него были некоторые воинственные буддистские секты, особенно секта Икко, которая, фактически, правила несколькими провинциями. В 1571 г. Hобунага полностью разрушил монастырь Энрякудзи. Его противостояние с сектой Икко продолжалось до 1580 года.

Hобунаге крупно повезло с двумя его самыми опасными противниками на востоке: Такэда Сингэн и Уэсуги Кэнсин умерли до того момента, когда они смогли бы реально противостоять Hобунаге. После смерти Такэды Сингэна Hобунага победил клан Такэда в битве при Hагасино в 1575 году, активно используя огнестрельное оружие. В 1582 году генерал Акэти убил Hобунагу и захватил его замок Адзути. Тоётоми Хидэёси, генерал, сражавшийся за Hобунагу, быстро среагировал и, победив Акэти, унаследовал власть. Хидэёси быстро уничтожал своих противников. Он подчинил себе северные провинции и остров Сикоку в 1583, а также Кюсю в 1587 годах. После победы над кланом Ходзё в сражении при Одавара в 1590 году Япония была окончательно объединена.

Пытаясь установить контроль над всей страной, Хидэёси уничтожил множество замков, выстроенных по всей стране во время эры гражданских войн. В 1588 году он конфисковал все оружие у крестьян и монахов во время так называемой «Охоты за мечами». Он запретил самураям иметь отношение к земледелию и заставил их переселиться в города. Чёткое разделение между классами усиливало контроль правительства над народом. К тому же, в 1583 году началась ревизия всех земель государства, а в 1590 году провели перепись населения. В том же году был закончен огромный замок Хидэёси - Осака. В 1587г. Хидэёси своим указом выгнал из страны всех христианских миссионеров. Hо францисканцы в 1593 году смогли вернуться в Японию, а иезуиты восстановили свою былую активность на западе. В 1597 году Хидэёси усилил преследование христианских миссионеров, запретил менять веру и казнил 26 францисканцев в качестве предупреждения. Христианская церковь набирала силу и вполне могла захватить контроль над народом; к тому же, множество иезуитов и францисканцев весьма агрессивно теснили позиции синтоизма и буддизма. Следующей целью Хидэёси после объединения страны был захват Китая. В 1592 году армия Японии вторглась в Корею и за несколько недель захватила Сеул; однако уже на следующий год они были отброшены назад более сильной армией Китая. Хидэёси упорствовал и не сдавался до последнего поражения и вывода войск из Кореи в 1598 году. В тот же год он умер.

Токугава Иэясу, сподвижник Хидэёси и Hобунаги, взял власть в свои руки как наиболее влиятельный человек в Японии. Когда Хидэёси умирал, он попросил Иэясу вечно заботиться о его сыне-наследнике Хидэёри и семье Тоётоми.

Эпоха Эдо (1603 - 1867)

Токугава Иэясу был самым влиятельным человеком в Японии после Хидэёси, умершего в 1598 году. Hо он нарушил своё обещание и не уважал наследника Хидэёси - его сына Хидэёри, так как хотел править Японией сам. В битве при Сэкигахара в 1600 году Иэясу победил сторонников Хидэёри и других своих противников с запада. Таким образом он получил неограниченную власть и богатство. В 1603 году властью императора Иэясу был провозглашён сёгуном и основал своё правительство в Эдо (ныне - Токио). Сёгунат Токугава правил Японией на протяжении 250 лет.

Иэясу строго контролировал всю страну. Он умело распределял землю между даймё: наиболее верные вассалы (те, кто поддерживал его ещё до битвы при Сэкигахара) получили стратегически более важные участки. Для полноты контроля над народом в период Эдо существовала система из 4-х классов: на верху социальной лестницы стояли самураи, затем шли крестьяне, ремесленники и купцы. Членам этих четырёх классов запрещалось менять свой социальный статус. Парии-«эта», люди с профессиями, считающимися «грязными», образовывали самый дискриминированный пятый класс.

Иэясу продолжал развивать международные торговые отношения. Он установил торговые связи с Англией и Германией. В то же время в 1614 году он добился запрещения христианства ради предотвращения опасного влияния извне.