Транзитные реки отличаются большой скоростью и высокой несущей способностью, поэтому переносят массу взвешенного материала. Часть его реки приносят с гор, другая часть поступает в воду при размыве рыхлых отложений (лёссов и песков) уже на равнине. Мутность речных вод очень велика. У Теджена, например, она составляет 3,5 г/л. Мутность Атрека еще выше. Весь этот материал отлагается в дельтах и руслах рек, поэтому реки часто меняют русло, имеют массу проток и отмелей, сухих брошенных русел и т. д.

Крупнейшей рекой Средней Азии является Амударья. Ее длина от истоков Пянджа 2540 км, а площадь бассейна 309 тыс. км2. В ее питании большую роль играют талые ледниковые воды, поэтому максимальные расходы наблюдаются летом, а наименьшие – в январе-феврале. Такое внутригодовое распределение стока весьма благоприятно для использования вод реки на орошение. Протекая по равнине, Амударья на отрезке от Керки до Нукуса теряет более 40% своего стока на испарение, инфильтрацию и орошение. По мутности воды (4,7 г/л) Амударья занимает первое место среди крупных рек СССР и одно из первых мест среди рек мира.

Сырдарья – вторая по водности и первая по длине река Средней Азии. От истоков Нарына ее длина составляет 3019 км, а площадь бассейна 219 тыс. км2. Питание реки ледниковое и снеговое, с преобладанием последнего. Для водного режима характерно весенне-летнее половодье, которое начинается с апреля. Наибольший сток приходится на июнь. На реке созданы Токтогульское (в горах), Кайраккумское (в Ферганской котловине), Чардарьинское и Кзыл-Ординское водохранилища. Воды реки широко используются для орошения.

Озера. Большинство озер Туранской равнины связано своим происхождением с эрозионно-аккумулятивной деятельностью рек в условиях аридного климата. Это озера-старицы, дельтовые озера (в дельтах Аму- и Сырдарьи), конечные озера, возникающие в устьях рек, воды которых не доходят до крупных водоемов. Обычно они мелкие, с низкими берегами, заросшими тростником и камышом, нередко окружены солончаками и полузаросшими песками. При достаточном количестве осадков многие из них превратились бы в сплошную линию текущей воды, так как приурочены к сухим ныне руслам рек. Среди этих озер имеются как соленые, так и пресные.

В результате сброса дренажных вод в бессточные котловины возникло довольно много озер антропогенного происхождения. Большинство из них мелкие. Наиболее крупными озерами такого типа являются Сарыкамышское и Айдаркуль.

Крупные озера Туранской равнины – Арал и Балхаш. Аральское море – солоноватый водоем морского типа, расположенный в пустыне. Арал – мелководный водоем. Наибольшие глубины находятся в узком желобе в западной части моря. С 1961 г. началось понижение уровня Арала, вызванное увеличением безвозвратных заборов воды из питающих море рек на орошение. Это совпало с периодом естественного маловодья в бассейне Арала. В результате сокращения притока речных вод уровень моря снизился почти на 11 м. Море потеряло около 25 тыс. км2 своей площади, главным образом у низких восточного и южного берегов. Объем воды сократился почти вдвое, соленость уже достигает 23%. Изменился химический состав солей.

Уменьшение речного стока в Арал, содержания биогенных веществ в озерных водах, повышение солености привели к уменьшению численности основных промысловых рыб, снижению их уловов. Арал потерял свое промысловое значение. С понижением уровня Арала возникла крупная комплексная проблема Арала и антропогенного опустынивания Приаралья.

Балхаш – второе по величине озеро равнины. Его площадь 18,3 тыс. км2, наибольшая глубина 26 м. Озеро имеет длину 605 км при наибольшей ширине 74 км. Озеро бессточное. Поступающая с речным стоком и атмосферными осадками вода расходуется на испарение. Озеро разделено суженным участком на две части. В западной части, куда несет свои воды р. Или, озеро пресное, в восточной – солоноватое. Зимой Балхаш замерзает. Из промысловых рыб в озере водятся сазан, судак, окунь, маринка.

Кара-Богаз-Гол расположен у западной окраины Туранской равнины. До 1980 г. он был обширным, почти замкнутым заливом Каспийского моря. Кара-Богаз-Гол полностью лишен притоков. Количество выпадающих на его поверхность осадков составляет менее 200 мм, а испарение достигает 1400-1500 мм. В водном питании Кара-Богаз-Гол полностью зависел от притока каспийских вод через узкий (до 200 м) пролив. Соленость вод в заливе достигала 280-3050/00, шло осаждение мирабилита – ценного химического сырья, который добывался в заливе более 50 лет.

В рамках решения проблемы Каспия с целью замедления снижения его уровня в 1980 г. пролив был перекрыт глухой плотиной, поступление каспийских вод в залив прекратилось. Он был превращен в озеро, практически лишенное водного питания. Нарушение экологического равновесия тут же сказалось на сокращении площади водоема вследствие испарения. Уже к 1983 г. площадь его сократилась в 3 раза (с 18 до 6 тыс. км2), глубины не достигали и 50 см, объем рассолов сократился в 10 раз, прекратилось осаждение мирабилита, стал накапливаться галит. В последующие годы Кара-Богаз-Гол превратился в белую соляную пустыню. Разносимые ветром с его поверхности соли загрязняют природную среду, вызывают засоление почв. Нанесен ущерб месторождению мирабилита. Возникла проблема Кара-Богаз-Гола. Для ее решения стали подавать воду из Каспия в Кара-Богаз-Гол по трубам, затем построили в плотине шлюз для увеличения и регулирования подачи воды в Кара-Богаз-Гол.