В питании горных рек принимают участие ледниковые, талые снеговые, дождевые и подземные воды. Все крупнейшие реки имеют преимущественно ледниковое и снеговое питание, причем у рек Памира больше доля ледникового питания по сравнению с реками Тянь-Шаня. Основными источниками питания рек, берущих начало в среднегорьях, а также в районах с небольшим оледенением, яв­ляются таяние сезонных снегов и дожди. В нижних частях гор, где снеговой покров неустойчив, питание рек идет за счет дождевых и подземных вод. Здесь преобладают небольшие речки – карасу со значительным участием подземного питания.

По водному режиму большинство горных рек относится к тянь-шаньскому и алтайскому типам. Для тянь-шаньского типа характерно ледниково-снеговое питание и длительное летнее половодье, которому часто предшествует второстепенный весенний паводок, связанный с таянием сезонных снегов в среднегорьях (Амударья, Сырдарья, Вахш, Пяндж, Нарын и др.). Алтайский тип отличается снеговым и дождевым питанием и растянутым весенне-летним половодьем (Кафирниган, Кашкадарья, Чирчик и др.). Реки Копетдага и низкогорий Тянь-Шаня относятся к числу рек с паводочным режимом.

Горные озера относятся к различным генетическим типам. Большинство крупных озер занимает котловины тектонического происхождения (Иссык-Куль, Сонг-Кёль, Четыр-Кёль, Каракуль). К завальным озерам относятся Сарезское и Яшилькуль на Памире. Многочисленна группа озер ледникового происхождения. Из крупных озер к ним относится Зоркуль, лежащий на высоте 4125 м (Восточный Памир). Есть в горах и карстовые озера (на хр. Петра Первого и др.). Вода большинства озер пресная или солоноватая в зависимости от степени их проточности. Режим озер изучен недостаточно.

Иссык-Куль – самое крупное озеро гор Средней Азии. По площади (6280 км2) оно занимает седьмое место среди озер СССР. Оно лежит в тектонической котловине на высоте 1608 м над уровнем моря. Длина озера составляет 182 км, а наибольшая глубина 702 м. Водосборная площадь озера около 16 тыс. км2, а объем воды в нем – 1730 км . Вследствие большого объема воды озеро не замерзает. Озеро бессточное, с солоноватой водой. В течение года наблюдается колебание его уровня, достигающее 1,2 м. Минимальный уровень наблюдается зимой, максимальный – во второй половине лета. Озеро богато кислородом, но из-за довольно низких температур (+ 18,6°С в поверхностном слое в июле) его фауна бедна. Здесь обитает всего 12 видов рыб. Промысловое значение имеют осман, сазан и чебак.

Уровень озера понижается со средней скоростью 7 см/год. Это приводит к повышению его солености, понижению уровня грунтовых вод и опустыниванию котловины.

Почвы, растительность и животный мир.

Для почвенно-растительного покрова и животного мира гор характерна необыкновенная пестрота, обусловленная большой высотой гор и их южным положением, орографической обособленностью отдельных горных районов, резкими различиями в гидротермических условиях, влиянием соседних территорий и состава пород. На одной и той же высоте в разных частях гор можно встретить самые различные типы растительности и формирующиеся под ними почвы, но все же сквозь всю эту пестроту и разнообразие просвечивает характерная для всех горных территорий основная закономерность в размещении почвенно-растительного покрова и животного мира – высотная поясность,

Почвы большей части территории формируются в аридных условиях, при значительном поверхностном стоке осадков и талых снеговых вод, на твердых коренных породах, их элювии и делювии, что обусловливает укороченный профиль, значительную каменистость и щебнистость почв.

В предгорьях и нижних частях гор распространены сероземы. Они формируются на обогащенных карбонатами лёссах в условиях жаркого сухого лета и мягкой зимы с максимумом осадков в конце зимы и весной, когда воздух еще не сильно прогрет и испарение не так велико. В это время почвы достаточно глубоко промачиваются и освобождаются от легкорастворимых солей. Вследствие этого сероземы не засолены и не солонцеваты. В условиях высоких температур происходит интенсивная минерализация органических остатков, и содержание гумуса невелико (2-3%). Сероватый оттенок гумусового горизонта маскируется палевым оттенком материнской породы. По химическому и механическому составу сероземы мало отличаются от лёсса. Максимум карбонатов находится на некоторой глубине. В предгорьях Северного Тянь-Шаня и Джунгарского Алатау развиты северные (малокарбонатные) сероземы, на остальной территории – обыкновенные (типичные) и темные.

В горных полупустынях и сухих степях Джунгарского Алатау, Северного и Внутреннего Тянь-Шаня распространены горно-каштановые почвы. В более южных районах выше сероземов под ксерофитными редколесьями и кустарниками, а также под пырейно-разнотравными эфемеретниками формируются горные коричневые почвы. В условиях относительно теплого и влажного зимнего периода с очень непродолжительным снеговым покровом или совсем без него интенсивно химическое выветривание и образование вторичных глинных минералов, которые при выпадении осадков вымываются из верхних горизонтов почв на некоторую глубину. Легкорастворимые соли при этом удаляются из почвенного профиля, а менее растворимые карбонаты на глубине 30-50 см и более образуют иллювиально-карбонатный горизонт. Характерной чертой коричневых почв является оглинение (накопление глинных минералов), особенно в средней части профиля. Они имеют тяжелый мех-состав, коричневую окраску, постепенно осветляющуюся книзу, содержание гумуса 3-7%, возрастающее до 12-14% в горных коричнево-бурых почвах под арчовниками. Под горными степями на разных высотах распространены горные черноземы и лугово-степные почвы, под лесами – бурые и темно-бурые горно-лесные.