Горы покрыты преимущественно таежными елово-пихтовыми, а также лиственничными, лиственнично-кедровыми и сосновыми лесами. На наиболее увлажненных склонах запада и севера Алтая и Саян под пихтово-осиновыми лесами (черневоя тайга) образовались горные серые лесные почвы. На внутренних хребтах с более континентальным климатом под лиственничными и сосновыми лесами господствуют подзолистые, буро-таежные и кислые неоподзоленные почвы. В Саянах и Туве, где значительно распространена многолетняя мерзлота, формируются мерзлотные почвы – таежные подбуры, которые часто встречаются к востоку от Енисея.

Значительные площади занимает высокогорный пояс, состоящий из кустарников (ерников), субальпийских и альпийских лугов, горной тундры, местами каменных россыпей и ледников. Он расположен на различных высотах. Самое низкое положение нижней границы высокогорного пояса находится в северной части Кузнецкого Алатау (всего на высоте 1100-1150 м. К югу и юго-востоку страны эта граница поднимается все выше. Например, в Туве, на нагорье Сангилен, она уже достигает 2100-2300 м.

Природа Алтайско-Саянской горной страны закономерно изменяется как в меридиональном, так и в широтном направлении.

Эта закономерность прослеживается во всех высотных поясах. Так, существенные различия в высокогорном поясе наблюдаются между Алтаем, Саянами и Восточно-Тувинским нагорьем. На западе (Алтай) в условиях избыточного увлажнения, мощного снегового покрова и низких температур широко распространены субальпийские и альпийские луга с разнообразным видовым составом. Под луговой растительностью сформировались горно-луговые почвы. На востоке (Саяны, Тувинское нагорье), где континентальность климата выражена более ярко, альпийские и субальпийские луга приурочены только к пониженным увлажненным участкам высокогорья, а кругом господствуют горные тундры, представленные сообществами кустистых лишайников на горно-тундровых светлых слабогумусированных почвах, травянисто-лишайниковыми сообществами на горно-тундровых торфянистых почвах, травянисто-дриадовыми сообществами на горно-тундровых дерновых почвах. Все тундры Алтайско-Саянской горной страны по флористическому составу и своему облику близки к северным равнинным тундрам. Это, по-видимому, обусловлено историей развития природных зон и высотных поясов Северной Азии в четвертичный период.

Животный мир Алтайско-Саянской страны характеризуется большим разнообразием. Это обусловлено пестротой современных географических ландшафтов (от степей до высокогорной тундры и ледников), историей их формирования, а также пограничным положением страны между двумя крупными зоогеографическими подобластями Палеарктической области: Европей-ско-Сибирской и Центрально-Азиатской. Животный мир состоит из таежных, горно-тундровых и степных видов, среди последних имеются животные Центрально-Азиатской подобласти.

В пределах Алтайско-Саянской горной страны ныне существует девять заповедников. Заповедник «Столбы» создан в 1925 г. Он расположен в северных низкогорных отрогах Восточного Саяна, недалеко от Красноярска. Там охраняются разрушенные процессами денудации сиенитовые скалы «Дед», «Беркут», «Перья» и др., поросшие лиственницей и сосной. Алтайский заповедник был организован в 1932 г., но потом неоднократно закрывался и открывался вновь. Он расположен в Северо-Восточном Алтае, охватывает часть акватории Телецкого озера, занимает значительную территорию на водоразделе бассейнов Оби и Енисея в среднегорьях и высокогорьях Алтая.

Саяно-Шушенский биосферный заповедник расположен на левобережье Енисея у глубоководного узкого водохранилища. Здесь охраняются типичные ландшафты Западного Саяна.

В верховьях реки Катуни, одного из истоков Оби, в 1991 г. был создан Катунский заповедник. Он охватывает среднегорья и высокогорья с абсолютными отметками до 4000 м.

В центральной части Кузнецкого Алатау находится одноименный заповедник. В нем охраняются природные комплексы всех высотных поясов от степного до альпийских лугов и высокогорной тундры.

Заповедник Азас расположен в Тоджинской котловине на базе бобрового заказника. Он создан для сохранения горно-таежных и гольцово-тундровых ландшафтов, характерных для Восточно-Тувинского нагорья и Восточного Саяна, и единственной верхнеенисейской популяции бобров.

На северном склоне Западного Саяна в бассейнах рек Малый и Большой Абакан находится заповедник Малый Абакан, созданный в 1993 г. На его территории преобладают горно-таежные леса, но в верхних частях гор встречаются и горные тундры, и фрагменты горных лугов. В бассейне реки Абакан находится еще один заповедник – Чазы, где охраняются степные и лесостепные ландшафты. На южной окраине Тувы в котловине озера Убсунур на границе с Монголией находится заповедник Убсунурская котловина.

Природные ресурсы

Природные ресурсы Алтайско-Саянской страны богаты и разнообразны. Здесь сосредоточены большие запасы полезных ископаемых. В Кузнецкой котловине находится крупнейший каменноугольный бассейн. Мощные пласты каменных углей (9-50 м) залегают здесь на небольшой глубине. Во многих разрезах добычу ведут открытым способом. Юрские бурые угли разрабатывают в Чулымо-Енисейской и Тувинской котловинах. В Горной Шории с интрузиями связаны месторождения железных руд. Полиметаллические руды Алтая (Змеиногорское месторождение) также связаны с палеозойскими интрузиями. В Восточном и Западном Саяне среди докембрийских отложений содержатся железистые кварциты. В Ботогольском хребте сосредоточены залежи высококачественного графита и нефелиновых сиенитов. В зонах разломов выходят многочисленные сернистые и углекислые источники.