Флора Алтая состоит из 1840 видов. В состав ее входят высо­когорные, лесные и степные формы. Известно 212 эндемичных видов, что составляет 11,5%. В северо-западных и северных предгорьях степи равнин переходят в горные степи и лесостепи. На склонах гор господствует лесной пояс, сменяющийся на наиболее высоких хребтах поясом субальпийских, альпийских лугов и горной тундрой, над которой на многих высоких вершинах располагаются ледники. В северных и западных частях Алтая границы всех поясов ниже, чем на южных и восточных. На крайнем северо-востоке горные леса Алтая сливаются с тайгой Горной Шории и Салаирского кряжа.

Степи расположены на различных высотных уровнях и в разнообразных морфологических и климатических условиях, поэтому они резко отличаются друг от друга и подраздеяются на степи холмистых предгорий и горные степи. Степи холмистых предгорий тянутся сплошной полосой по северозападным и северным предгорьям Алтая. Это разнотравно-дерновинно-злаковые и разнотравные степи, состоящие из злаков (ковыли, типчак, тонконог) и разнотравья (ветреница, герань, ирис и др.). Но с повышением предгорий и увеличением осадков появляется много кустарников жимолости, таволги, шиповника, бобовника. Под степями развиты преимущественно на лессовидных суглинках обыкновенные черноземы и горные черноземы. В лесостепи в них вкраплены горные лесные серые почвы. Степи используют как пастбища, но часть их распахана.

Горные степи встречаются отдельными пятнами по долинам, котловинам и плато. Климат их отличается большей континентальностью: в связи с застоем холодного воздуха зимой температура очень низкая, лето теплое и влажное. Существенно влияют на облик степей и материнские породы: пре­обладают флювиогляциальные и озерные отложения. Дождевые воды быстро проникают в более глубокие горизонты, и степь остается сухой. Поэтому там развивается ксерофитная растительность на южных черноземах и каштановых почвах, а местами и на солончаках. В степях появляются субальпийские луговые виды, например эдельвейсы, астрагалы и остролодочники.

В юго-восточной части Алтая на высотах 1500-2200 м развиты высокогорные степи. Под сильно разреженным травянистым покровом формируются бурые и каштановые карбонатные почвы, и даже солончаки (на поймах Чуйской степи). Растительный покров образован галечниковым ковылем, астрагалом, остролодочниками, караганой и др. Наиболее низкие степи распаханы под зерновые культуры.

Леса Алтая образованы в основной хвойными породами: лиственницей, елью, сосной, пихтой и кедром. Наиболее распространена лиственница, которая занимает почти все склоны гор в центральных районах Алтая, часто поднимаясь до верхней границы лесов, где вместе с кедром образует лиственнично-кедровые леса. Иногда лиственница спускается по долинам рек в лесостепь и степь. Выше 700 м в лесном поясе господствуют светлые лиственничные леса. Они имеют парковый характер: деревья растут разреженно, солнечные лучи проникают свободно. Поэтому в этих лесах обильный травяной покров, состоящий из ирисов, огоньков, анемон и многих других растений. Сосна растет в предгорьях и поднимается по склонам до высоты 700 м.

В краевых частях гор склоны покрыты осиново-пихтовыми лесами, так называемой черневой тайгой. В верхних частях лесного пояса встречаются кедровые леса. Кедр поднимается по склонам гор часто выше других хвойных деревьев, образуя верхнюю границу лесного пояса.

Под лесами развиты разнообразные горно-таежные подзолистые, горные бурые лесные и серые лесные почвы. Лесной пояс по направлению с севера на юг и с запада на восток в связи с убыванием осадков и увеличением сухости воздуха сокращается и поднимается в горы. Верхняя граница лесов в Северо-Западном Алтае находится на высоте 1700-1800 м, в Центральном Алтае – 2000 м, на юге и востоке – 2300-2400 м. Наиболее высоко леса поднимаются в Чуйских хребтах, до 2300-2465 м. У верхней границы леса среди отдельных деревьев распространены кустарниковые заросли из карликовой березы с примесью можжевеловых стланцев, ивняков, жимолости, красной смородины. Заросли кустарников чередуются с высокотравьем. Высота растений злаково-разнотравных субальпийских лугов достигает 1 м. Луговые растения – это злаки (ежа, овес, мятлик) и крупнолистные двудольные (горец, зонтичные). Их сменяют низкотравные альпийские луга, травы которых отличаются крупными и ярко окрашенными цветками: сибирский водосбор с синими цветками, огоньки, или жарки, оранжевого цвета, анютины глазки от желтого до темно-синего цвета, белые анемоны, маки, лютики, горечавки с густо-синими бокалообразными цветками. Под субальпийскими лугами образуются слабо гуму-сированные дерново- или скрытоподзолистые почвы, а под альпийскими лугами – горно-луговые почвы. Субальпийские и альпийские луга доходят до 2800-3000 м. Эти богатые луга используют как горные пастбища.

Над альпийскими лугами поднимаются горные тундры, которые граничат с вечными снегами и ледниками. Для тундр характерно чередование щебнистого или каменистого грунта, лишенного почвенного слоя, и пониженных участков с суглинистым грунтом, на котором растут низкорослая березка и ива сизая. Поверхность их покрыта сплошным моховым ковром. Среди мхов и лишайников распространены изредка цветковые растения. Дриадовые тундры располагаются в местах, где ветры слабее и зимой скапливается больше снега.