В Байкальской горной стране распространены два континентальных типа высотной поясности, характерные для Сибири. Это – лесолуговой с гольцами. Он развит в Прибайкалье и на юге Забайкалья. И второй тип – тундрово-таежный, характерный для Северного Забайкалья и всех нагорий.

На склонах гор можно наблюдать следующие почвенно-растительные пояса: горные степи на юге Забайкалья поднимаются по склонам гор до высоты 900-1000 м, а северные – только до высоты 500-600м. Выше идет пояс лесостепи (до 1000-1200м). Лесостепь сменяется лесным поясом, поднимающимся до высоты 1700-1900 м, а в некоторых горах на севере – только до 1200 м. От 1900 до 2200 м расположен субальпийский кустарниковый пояс, а еще выше – высокогорные – горно-тундровый и гляциально-нивальный (снежников и ледников).

Наибольшие площади гор заняты лесами, в основном лиственничными. Темнохвойные леса – елово-пихтовые с кедром – растут на склонах северной экспозиции хребта Хамар-Дабан. Верхняя граница лесов окаймлена субальпийским поясом кустарников, состоящих из труднопроходимых зарослей кедрового стланика с примесью березы Миддендорфа, можжевельника. Под кустарниками развиты щебнистые скелетные почвы или каменные россыпи. Выше поверхность гольцов покрыта чаще горной тундрой и каменными россыпями. В тундре господствуют небольшие куртины кедрового стланика, багульника, водяники, много голубики, брусники, лишайников, распространены альпийские осоки, примулы, камнеломки, диапенсии и куропаточья трава. Среди тундры местами в понижениях рельефа, где зимой скапливается снег, выделяются пятна альпийских лужаек с пестрым разнотравьем: анемоны, змееголовника, лютика, горечавок и других красочных растений. Такие высокогорные лужайки встречаются на хребте Хамар-Дабан.

Во всех высотных поясах некоторые виды растений стали очень редкими, особенно эндемики и реликты, они внесены в Красные книги. Это эндемичный вид бородиния байкальская – обитатель сухих каменистых мест, рододендрон Редовского – редкий восточно-азиатский вид. В долине Селенги, в равнинах и горных степях у северной границы своего ареала редко можно встретить эндемичные ксерофильные китайско-монгольские реликты – орехокрыльник монгольский и гармалу чернушкообразную.

Животный мир тесно связан с растительными группировками. В южной половине Забайкалья проходит зоогеографическая граница между Европейско-Сибирской и Центрально-Азиатской подобластями Голарктики, поэтому животный мир состоит из сибирских таежных, монгольских степных, высокогорных и амурско-уссурийских видов. В Байкальской горной стране проходят границы распространения многих видов животных. Например, соболя, черношапочного сурка, темнозобого дрозда, чирка-клоктуна, амурских рыб (амурского осетра, калуги, амурской щуки, хариуса и др.); только на юге Забайкалья распространен шмель Черского – здесь проходит северо-западная граница ареала этого редкого, сокращающегося в численности вида.

Видовой состав лесной фауны богатый. Из отряда хищных распространены соболь, ласка, колонок, горностай, выдра, росомаха, рысь, барсук, волк, красный волк, лисица, бурый медведь. Из отряда грызунов в тайге широко распространены белка, бурундук, летяга. Из отряда парнокопытных водятся лось, марал, сибирская косуля, кабан, кабарга, сибирский козерог. Из птиц в тайге обитают глухарь, рябчик, кедровка, кукша, ястребиная сова, сибирский дрозд, тетерев.

В горных тундрах Прибайкалья, Северо-байкальских и Станового нагорий водятся дикие северные олени. В теплое время года, когда в тайге много насекомых, олени уходят в гольцовый пояс. С наступлением зимы они спускаются в таежные долины, где неглубокий снежный покров и обильный корм. Из отряда грызунов широко распространены обыкновенная, или горная, пищуха, сурок-тарбаган. Пищухи образуют в каменистых россыпях целые колонии. Местообитание тарбагана – также каменистые россыпи среди гольцового пояса и заросли кедрового стланика. Из птиц в горных тундрах гнездится тундряная куропатка.

Фауна лесостепей и степей Забайкалья относится по видовому составу к Центрально-Азиатской подобласти. Там преобладают грызуны: суслики (длиннохвостый и даурский), сурки-тарбаганы, тушканчики-прыгуны, монгольский тушканчик, даурский хомячок, забайкальский, или даурский, цокор, заяц-толай, много разных видов полевок. Из отряда хищных характерны забайкальский барсук, лисица-корсак, забайкальский степной хорек, степная кошка манул. Из отряда парнокопытных в лесостепи обитает косуля, а в степях в небольшом количестве антилопа-дзерен. Из птиц характерны монгольские и сибирские виды – красная утка, монгольский жаворонок, сибирская дрофа и др.

Байкальскую горную страну относят к важным охотничье-промысловым территориям России. Большинство промысловых животных сосредоточено в тайге. Среди пушных зверей первое место занимает лучший в мире баргузинский соболь. В больших количествах добывают белку, колонка, горностая, лисицу, зайца-беляка. Ведут охоту и на парнокопытных животных, а также на птиц: рябчика, глухаря, тетерева. Промысловое значение имеют и животные степной фауны, например сурок, светлый хорь, заяц-толай, красная лисица-корсак, из птиц бородатая куропатка. Хищническое истребление соболя в дореволюционной России и лесные пожары привели к резкому сокращению его численности. Для восстановления соболя на некоторый период была запрещена на него охота и проведено искусственное расселение соболя в места его бывшего обитания. Благодаря этому численность соболя восстановилась. Большое значение для сохранения соболя и его размножения имеет Баргузинский заповедник, который является соболиным питомником. Наиболее излюбленное местопребывание соболя – заросли кедрового стланика.